Năm 2008 Vương cung thánh đường này được Quỹ Công trình kiến trúc thế giới (World Monuments Fund) đưa vào "Danh sách 100 công trình kiến trúc thế giới bị đe dọa" cần theo dõi:

Tình trạng hiện tại của nhà thờ là đáng lo ngại. Nhiều loại gỗ cấu tạo mái nhà bị mục nát, và đã không được thay thế từ thế kỷ 19. Nước mưa thấm vào tòa nhà không chỉ làm tăng tốc độ mục nát của gỗ và gây thiệt hại cho sự toàn vẹn về cấu trúc của tòa nhà, mà còn làm tổn hại các bức tường khảm từ thế kỷ 12 và các bức tranh. Dòng chảy vào bên trong của nước cũng có nghĩa là luôn có một nguy cơ cho một trận hỏa hoạn do điện gây ra. Nếu trận động đất nữa xảy ra ở quy mô của một trong các trận động đất năm 1834, thì kết quả rất có thể sẽ là thảm họa.... Hy vọng việc đưa nhà thờ này vào danh sách (các công trình kiến trúc bị đe dọa) sẽ thúc đẩy việc bảo tồn nhà thờ, mà trong đó cả ba giáo hội có trách nhiệm trông coi nhà thờ - Giáo hội Chính thống Hy Lạp, Giáo hội Tông đồ Armenia, và dòng Phanxicô – hãy làm việc cùng nhau, điều mà đã không xảy ra trong hàng trăm năm rồi. Chính phủ Israel và Chính quyền Palestine cũng sẽ phải làm việc với nhau để bảo vệ nhà thờ này.[28][29]

Năm 2010, Chính quyền Quốc gia Palestine công bố sắp có một chương trình trùng tu nhà thờ gồm nhiều triệu dollar.[30]

Di sản thế giới

Năm 2012, khu nhà thờ phức hợp này trở thành nơi đầu tiên của Palestine được Ủy ban Di sản thế giới đưa vào danh sách Di sản thế giới tại kỳ họp thứ 36 của Ủy ban ngày 29.6.2012.[31] Quyết định này được chấp thuận bằng một cuộc bỏ phiếu kín[32] của 13-6 trong 21 thành viên của ủy ban, theo nữ phát ngôn viên Sue Williams của UNESCO,[33] và theo một thủ tục ứng cử khẩn cấp thông qua quá trình 18 tháng đối với hầu hết các di sản, bất chấp sự phản đối của Hoa Kỳ và Israel. Di sản này đã được phê duyệt theo tiêu chuẩn 4 và 6.[34] Quyết định này là một quyết định gây tranh cãi cả về mặt kỹ thuật lẫn chính trị.[33][35] Nhà thờ này cũng được đưa vào Danh sách di sản thế giới bị đe dọa vì nó bị hư hại bởi sự rò rỉ nước vào trong.[4]